Alors que l'horloge tourne avant le crash de Space Colony Arc, Sonic, Eggman, Bokkun, Dekkun, Knuckles, Tails et Rouge tentent d'amener l'émeraude maîtresse à la source d'énergie, les émeraudes du Chaos. Pendant ce temps, Shadow est confronté à Chris, qui lui rappelle le souhait de Maria, à savoir aider l'humanité. Alors que Sonic, Knuckles et les deux robots atteignent la source d'énergie, un temple du Chaos recréé, une bête robotique/organique attaque l'équipe, pensant à un moyen de passer, Shadow propose de distraire la bête assez longtemps pour arrêter la colonie. Réussiront-ils ? Regardez et découvrez-le !