L'agent Fox Mulder du FBI découvre l'existence des dossiers non classés, qui, selon lui, ne peuvent être résolus par une approche classique. Le FBI, inquiet de ces potentielles découvertes, fait appel à l'agent Dana Scully pour « surveiller Mulder le martien ». Tous deux partent pour l'Oregon afin d'enquêter sur une mystérieuse série de disparitions.