År 2029, i ett Japan i en nära framtid, planerar cyborgen Motoko Kusanagi att bilda en enhet som ska bekämpa nya hot. Samtidigt rekryterar Daisuke Aramaki medlemmar till sitt team och inrättar Avdelning 9 för allmän säkerhet, även känd som ”Specialenheten”. En konspiration är under uppsegling, och en hacker har dykt upp: ”Puppet Master”. Vad har framtiden i beredskap för Kusanagi? Vilka är denna hackers avsikter? En ny era av cyberpunk-inspirerad action står i begrepp att inledas!