Chuck ve Hannah, beklenmedik bir şekilde Daniel Shaw'ın son görevinin bir parçası olurlar. Shaw, yakınlaşmaya çalışıyormuş gibi göründüğü Sarah ile ortak olur. Bu sırada Morgan ve Ellie de kendi ekibini kurmuştur. İkili bir şeyler gizlediğinden şüphelendikleri Chuck’ın garip davranışlarının ardında ne gibi bir sebep yattığını çözmek için güçlerini birleştirir.