Dan et ses amis sont de retour sur la Terre où ils sont accueillis comme des héros. Drago a de nouveaux pouvoirs et Dan relâche accidentellement Mechtogan, une entité mystérieusement connectée à Drago. Pendant que Dan découvre la vérité sur les pouvoirs de son ami, une armée de «Bakugan noir» désireuse de conquérir le monde voit le jour.