Riki Naoe va apprendre à connaître trois autres jeunes filles de son école, déjà bien mystérieuse : Saya Tokido, une élève populaire et sociable, Sasami Sasasegawa, l'éternelle rivale de Rin, et Kanata Futaki, la présidente du comité de discipline.
Dès lors, le héros des Little Busters va se retrouver plongé dans l'histoire de ces nouvelles héroïnes. Saya, qui semble de nature normale, se dit être agent secret et affronte des créatures démoniaques avec son pistolet. Par ailleurs, Sasami continuera à vouloir être supérieure à Rin, alors que Kanata appliquera sa dictature avec soin, notamment avec Haruka qui ne cesse de créer des problèmes dans l'établissement.