L'histoire est centrée sur le protagoniste agé de 16 ans après qu'il eut été transféré au Lycée Shujin de Tokyo. S'étant installé chez des amis de ses parents, il rencontre deux autres lycéens : Ryuuji Sakamoto, un garçon à problèmes et Ann Tamaki, une jeune fille isolée ainsi que Morgana, une créature à l'apparence de chat qui peut se métamorphoser en à peu près n'importe quoi. Ensemble, ils sont les "Phantom Thieves", une bande de voleurs commettant des larcins mais qui va être exposée à des événements pour le moindre étranges...