Juna y Tokio regresan a la ciudad y se encuentran con su compañero de clase Saiyuri, mientras Teresa informa a su comandante de SEED de un virus que se está extendiendo sobre el oeste de Japón desde la agricultura genéticamente modificada. En un restaurante de comida rápida, Juna descubre uno de los peligros de su nuevo poder, pero todo esto se ve ensombrecido cuando Tokio contrae el virus. Juna es enviado a Tokio para salvar su vida del Raaja que acecha dentro de ambos.