Tras un fallo en un virus, Jeremy decide llamar a Laura, apasionada de la física cuántica. Es un éxito, pues Laura permite a Jeremy que el virus funcione. Como era de esperar por unanimidad, los guerreros vuelven al pasado para borrar de la memoria de Laura todos los recuerdos de Lyoko. Luego van a probar su virus en Cortex. Pero algo no va bien, Laura empieza a tener flashes, y finalmente, recuerda todo.
Nuestros héroes se ven así forzados a integrarla en el grupo. Además, esta aventura permite a nuestros héroes descubrir que Córtex no es una réplica de Lyoko, haciendo inoperante el virus se había desarrollado. A esto se suman nuevas criaturas aparecidas en Córtex: Ninjas.