En el barrio rojo de Amsterdam decenas de mujeres contonean sus cuerpos mientras el equipo de operaciones especiales irrumpe en una de las casas del barrio para dar caza a unos terroristas. Uno de ellos quema las pruebas en una bañera y se planta fuego y se quema a lo bonzo mientras detienen a dos hombres pero les faltan otros dos que no estaban en el piso. En una de las habitaciones cerradas con llave aparece habitación protegida contra peligros biológicos y eso unido al que el hombre quemado había pronunciado "Aliento de Alá" antes de morir hace pensar a McNulty que algo terrible planea en el ambiente.
Un equipo especial investiga en la extraña habitación y localiza pruebas de que allí se estaba fabricando la bacteria yersinia pestis que provoca la peste negra, una enfermedad infecciosa aguda y muy grave que se ha extendido en forma de pandemia varias veces a lo largo de la historia matando a millones de personas. JT y su equipo deben encontrar a los terroristas y evitar que utilicen el virus mortal.
Sonny y JT intentar actuar como dos adultos que trabajan en el mismo departamento y mantienen una relación personal, pero dicha relación parece estrecharse cada día que pasa. Sonny deja claro que quiere saber si realmente hay algo o sólo están jugando. Pero a Sonny le ofrecen un inesperado ascenso a subsecretaria de defensa lo que complicará su relación con la División de Operaciones Especiales y claro está con JT.