Utilizando la página que Fletcher Tringham le dio del viaje de su padre, Ed se encuentra otra vez con los hermanos en la profundidad de Ciudad Central. Con su ayuda, finalmente él encuentra el camino hacia el líder de los Homúnculos. Sin saber quien es, el líder está esperando su llegada. Ed debe enfrentarse una vez más a todo lo que él cree en su batalla contra el líder.