La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe de un incidente en un barco extranjero: se ha descubierto el cuerpo de la profesora Milicia Stronskaya. Detrás del incidente hay un grupo conocido como Peacebreakers, una organización paramilitar extranjera y una nueva amenaza externa que tiene como objetivo los documentos de investigación del profesor conocidos como los “Documentos Stronskaya”.