Un fotógrafo se dirige a un misterioso sitio arqueológico, pero la misma mujer que lo llevó allí lo mata a tiros. En Nirai Kanai, Sayoko y Mokoto se están juntando. Haruka se sorprende cuando pasa y lo ve irse. Helena, de la Fundación Barbem, envía médicos a investigar a Quon, que está profundamente dormido. Un nuevo Dolem ataca, y tanto RahXephon como el Escuadrón Alfa son enviados, pero Ayato se distrae cuando encuentra a Quon dentro de RahXephon con él ...