Miles de años después de un extraño suceso que petrificó a toda la humanidad, Senku, un estudiante de instituto con una inteligencia notable y una aguda mente científica, emerge de su sueño petrificado. Enfrentado a un mundo congelado en el tiempo, donde todas las civilizaciones se han derrumbado, resuelve utilizar sus conocimientos científicos para reconstruir el mundo. Ayudado por su inseparable amigo de la infancia, el incorregible Taiju Ôki, que también ha salido de su petrificación, tendrán que volver a empezar desde cero. Así comienza una extraordinaria aventura para recuperar miles de años de historia científica, desde la Edad de Piedra hasta nuestros días...