En 2029, en un Japón del futuro cercano, la ciborg Motoko Kusanagi planea crear una unidad dedicada a combatir las amenazas emergentes. Mientras tanto, Daisuke Aramaki está reclutando miembros para su equipo y creando la Sección 9 de Seguridad Pública, también conocida como la «Unidad Especial». Se está gestando una conspiración y ha aparecido un hacker: el «Puppet Master». ¿Qué le depara el futuro a Kusanagi? ¿Cuáles son las intenciones de este hacker? ¡Está a punto de comenzar una nueva era de acción inspirada en el cyberpunk!