Devan Maguire, neoassunta nell'ufficio del coroner, viene rapita. Stava per informare una donna che suo marito è stato trovato morto, con tracce di radioattività sul corpo. L'autopsia sul cadavere dell'uomo attira l'attenzione dei federali che impongono a Macy una tacita collaborazione. Ben presto però, la notizia dell'accordo fatto da Macy con l'FBI si espande in tutto l'ufficio: la vittima era coinvolta in un traffico di plutonio. Woody, Peter, Nigel e Bug si mettono sulle tracce di una misteriosa donna con la quale il morto doveva fare uno scambio. Intanto Devan riesce a fuggire ed avverte Garrett. Quando la Polizia arriva all'aeroporto di Logan si scopre che tutti gli eventi facevano parte di una complessa messinscena per testare la capacità di risposta ad un'emergenza da parte delle autorità locali.