Nel corso di una missione congiunta ad Amsterdam, viene rinvenuto un laboratorio segreto di un gruppo di terroristi. Questi ultimi sono riusciti a ricreare il virus della peste ed ora programmano di liberarlo sotto forma di spray da qualche parte nel mondo. Gli uomini del Pentagono scoprono che la mente dell'operazione è un terrorista che Algazi ha fatto liberare qualche tempo prima. Il nuovo obiettivo potrebbe essere la metropolitana che attraversa il Pentagono. Dopo la fine della crisi, Algazi presenta le sue dimissioni e a Samantha viene offerta una promozione che mette in discussione il suo rapporto personale con Tisnewski.