Alone in the World

Aaron, un bambino di dieci anni, viene attaccato da due dodicenni; riesce miracolosamente a salvarsi con l'aiuto di una strana presenza che uccide i due bulli. La sezione Fringe viene coinvolta al caso: Walter comincia ad analizzare uno dei corpi ipotizzando che, a causare la morte così precoce, possa essere stato un fungo. Walter riesce ad evitare il peggio e a rinchiudere il corpo prima che esploda, con conseguente diffusione delle spore nell'aria. L'intera squadra inizia così le procedure per distruggere il fungo, quando Aaron, improvvisamente, comincia a stare male facendo così capire a Walter che, in qualche modo, il fungo e il ragazzo sono empaticamente collegati. Scioccati dalla cosa, Walter e Astrid cercano una soluzione per permettere al bambino di vivere separato dal fungo ma, proprio mentre Walter sta cercando un modo, Broyles si trova costretto ad intervenire a causa di un altro attacco, non preoccupandosi della salute del bambino. Il piano di eliminazione sta prendendo luogo quando, però, qualcosa va storto: l'organismo reagisce attaccando sia un agente sia lo stesso Lincoln. In quello stesso istante, al laboratorio, Walter capisce finalmente come fare per salvare il ragazzo e, con un tentativo disperato, riesce a portare a termine il suo piano e a salvare sia Aaron sia Lincoln e a sconfiggere l'organismo.
La giornata è finita e Aaron è ora guarito e nelle mani dei dottori quando Walter, rimasto solo, decide di ricorrere ad un tentativo estremo per far smettere le allucinazioni. In quello stesso istante, entra in laboratorio Olivia che lo ferma e, parlando, i due scoprono di avere la stessa visione riguardante quel giovane ragazzo a loro sconosciuto (Peter).

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S04E04 - Subject 9