La Directory viene rubata e finisce nelle mani di Cellula Rossa; gli operativi vengono colpiti in tutto il mondo. La Sezione è obbligata ad evacuare. Per poter conoscere le prossime mosse di Cellula Rossa, Nikita e Michael tentano di assaltare il nemico ma vengono catturati e torturati. Resistono alle richieste di indicare la nuova sede della sezione, ma Michael fa trasparire il suo amore per Nikita e lei crolla, perché non sopporta di veder torturare Michael. Dopo aver confessato la nuova ubicazione delle Sezione Uno, Nikita scopre che questo era il piano fin dall'inizio e la Sezione ha in serbo una grande sorpresa per Cellula Rossa.