Un blogger, di nome Jonah Penn, viene ucciso a colpi di pistola, l'assassino inoltre gli taglia la lingua, quindi Pride e la sua squadra iniziano ad indagare sul caso. Sembra che Penn amasse scrivere articoli sui complotti militari, inoltre i proiettili che l'hanno ucciso sono stati usati in una missione dei Navy SEAL. Secondo un ufficiale in quella missione partecipò anche la CIA, comunque a suo dire Penn era solo un bugiardo. Sebastian invece, che è sempre stato un ammiratore di Penn, afferma che era un uomo con un'integrità morale. Il capo di una redazione, David Dalton, fa vedere delle foto, procurategli da Penn, dove delle persone in Bolivia venivano uccise da un Navy SEAL, poi Pride e l'NCIS risalgono ai nomi dei soldati che presero parte a quella missione in Bolivia e concentrano i loro sospetti su due di loro, ma uno dei due viene ucciso con lo stesso modus operandi dell'assassino Penn, quindi il secondo Navy SEAL, Ryan Janssen, diventa il principale sospettato. Percy e Christopher gli danno la caccia. Sebastian controlla le foto e scopre che erano state ritoccate per dare la colpa ai Navy SEAL, in seguito Patton accede al computer di Penn ma i file vengono tutti cancellati, comunque Patton trova l'indirizzo dell'hacker che sta violando i sistemi e Pride va da lui e scopre che è Dalton, in realtà un agente della CIA. Pride capisce che è stato lui a uccidere Penn, poiché questi lo aveva scoperto, e a rittocare le foto. Dalton è un agente che si è fatto corrompere in Bolivia spingendo Jansen a portare illegalmente in America un criminale del luogo, inoltre ha cercato di far ricadere su Jansen la colpa degli omicidi. Christopher e Percy trovano Jansen dicendogli che non lo reputano colpevole ma che deve aiutarli a incastrare Dalton indirizzandoli al criminale che ha fatto portare in America dalla Bolivia. L'NCIS arresta il criminale, e la CIA, per non sporcarsi le mani con questa faccenda, taglia tutti i ponti con Dalton, il quale finisce in prigione.