L'NCIS indaga sulla morte del secondo capo scelto Jim Tobin, ucciso in un cantiere della marina, quindi l'assassini per entrarvi ha usato un pass, Patton risale al database scoprendo che l'ultimo a usare il pass è stato Julian Kaufman, dipendete di un'impresa edile, lui ha ucciso Tobin perché la vittima lo aveva colto sul fatto mentre rubava del tritolo al cantiere. Diramato il mandato di cattura per Kaufman, le autorità lo inseguono mentre è alla guida del furgono, ma facendo un incidente stradale, muore. Pride e la squadra scoprono che Kaufman vendeva il tritolo a un gruppo di spacciatori che lavorano per Payton Kirk, quindi fanno una retata e vi trovano anche Percy, la quale aveva lasciato temporaneamente la squadra, infatti lavora con la DEA sottocopertura, lei vuole sgominare la banda per aiutare la sua vecchia amica Marion che lavora per loro. L'agente della DEA a capo dell'operazione spiega a Pride che l'impresa criminale usa il toluene estratto dal tritolo per raffinare la droga, Sebastian fa una terribile scoperta, la droga è estremamente mortale perché tagliata male, quindi bisogna impedirne la distribuzione. Percy convince Marion, con la minaccia di toglierle la figlia dandola ai servizi sociali, ad attirare Kirk in una trappola, in realtà Marion è stata costretta a lavorare per quella gente infatti era il suo ex che lavorava per loro ma quando rubbò della droga lo uccisero costringendo Marion a lavorare al suo posto e estinguere il debito. Marion dà appuntamento a Kirk, il quale la porta in auto e le spara. Marion viene portata in ospedale, la donna si salva, intanto Patton scopre che Kirk usa il nome di un morto per registrare le sue transazioni, trovando una villa intestata a lui, quindi l'NCIS e l'ATF vanno lì, specialmente perché Kirk ha rapito la figlia di Marion. Dato che la copertura di Percy è ancora valida, lei entra nella villa e prende la bambina, Kirk la coglie sul fatto, ma i cecchini della DEA lo uccidono. Percy informa Marion