L’Enterprise arriva nei pressi di un pianeta visitato poco prima dagli Xindi: Archer, T’Pol, Reed e Sato scendono e vi ritrovano una nave con uno Xindi ucciso. Poco dopo, gli umani cominciano a subire delle strane mutazioni che li rendono simili alla razza che abitava prima quel pianeta e che viene cacciata da altri alieni con tute ambientali. Phlox suggerisce a Trip di non scendere sul pianeta, ma viene mandata una squadra adeguatamente vestita che, dopo uno scontro coi propri compagni, riesce a catturare Reed. T’Pol, che pare infettata solo in parte, insegue Archer e Sato. Una volta sulla nave, Phlox comincia a studiare Reed, mentre Trip viene contattato da alcuni alieni i quali spiegano loro che sul pianeta esisteva una razza incapace di riprodursi, che, per evitare di estinguersi, aveva fatto in modo che un virus trasformasse tutte le creature in esseri della loro razza. Questi alieni hanno la funzione di sterminare gli infetti. Archer intanto sogna una splendida città antica e, messosi alla sua ricerca, la ritrova in rovina.