Archer riesce a isolare il laboratorio dagli agenti patogeni e a salvarsi, mentre Malik dice a Soong che Archer è stato ucciso. Soong si dichiara contrario a inutili morti e per il futuro decide di portare la nave in una specifica parte dello spazio per nascondersi; si trova di nuovo a scontrarsi con Malik, che vorrebbe invece sterminare un pianeta klingon per potersi insediare lì. Una volta raggiunti dall'Enterprise, Soong trova un espediente per farle rallentare l'inseguimento e Malik comincia a organizzare l'ammutinamento ai danni del “padre”. Persis decide però di aiutare Soong e lo fa scappare. Viene trovato a breve da Archer, al quale spiega i progetti di Malik. Decidendo di fidarsi dello scienziato, Archer arriva a prevenire la distruzione del pianeta e ingaggia una battaglia con la nave klingon facendola esplodere. Una volta messo in custodia, Archer promette a Soong che farà salvare i suoi appunti di studio sugli Augment, ma Soong pare intenzionato ad interessarsi a creature cibernetiche.