Con l'aiuto del Capitano Hernandez e Trip a bordo della nave stellare Columbia, Archer cerca i rapitori del dottor Pholx fino all'interno del territorio Kilngon. Intanto Phlox decide di cooperare con i Klingon per trovare una cura alla malattia. Il capitano affronta Reed dopo aver scoperto che sta nascondendo delle informazioni importanti per la missione e scopre anche che il suo ufficiale ha dei legami con una misteriosa organizzazione di intelligence segreta. Trip ritornato temporaneamente a bordo della Enterprise si incontra con T'Pol...