Philip rivela a Martha di aver ucciso Gene per proteggerla; la donna è sconvolta. Paige parla dei suoi genitori con il pastore Tim. Gabriel assegna una nuova missione a Philip ed Elizabeth: incontrare William, uno scienziato americano che ha accesso a mortali sostanze chimiche e microorganismi. Durante un incontro dell'ETS, Philip ricorda un episodio della sua infanzia, quando aveva picchiato brutalmente e ucciso un bullo, nonostante nel suo racconto non rivela quest'ultimo particolare. In Russia, Nina continua a lavorare con Anton Baklanov e chiede al suo superiore, Vasili Nikolaevich, di poter vedere suo marito. Arkady Ivanovich, sospettoso del lavoro che Tatiana sta facendo, scopre che ha a che fare con armi chimiche e batteriologiche. Martha recupera l'orario di sorveglianza di William, permettendo ai Jennings di incontrarlo indisturbati. William consegna loro una fiala di morva, una malattia altamente contagiosa. Tornati a casa, Philip viene affrontato da Stan, furioso dopo che Tori gli ha rivelato di aver visto Philip e la sua ex-moglie in atteggiamenti "intimi". Philip nega che qualcosa sia successo, ma Stan lo spinge contro una parete, pensando che l'uomo stia mentendo. Dopo che Stan se ne va, Philip ispeziona la fiala che si trovava ancora nella tasca della sua giacca.