Lucrezia è molto scossa dalla morte di Paolo e riesce a convincere il padre a dargli una sepoltura cristiana, imparando anche a farsi temere da Juan. Il cardinale Della Rovere continua lo scopo della sua vita: destituire Papa Alessandro e far cadere i Borgia in miseria. Carlo VIII, ancora debole e malato, decide però di tradire l'alleanza con il Papa, alleandosi con gli Sforza e iniziando i preparativi per una guerra contro Roma. Lo scopo del re è fiaccare le mura della città con i suoi cannoni senza venire scoperto, ma il Papa scopre l'inganno e Cesare rende "pan per focaccia" al re tradito dalle sue stesse armi.