Caffrey e Cavennaugh si recano a New Harmony per indagare sulla scomparsa di un agente che era stato posto di guardia alla casa di Craig Sontag, un membro dell'equipaggio della Big Horn. Giunti sul posto, scoprono che un sacerdote del luogo ha iniziato un nuovo culto ispirandosi ai suoi sogni, nei quali continua a vedere il mare di vetro profetizzato nel libro dell'Apocalisse. Molly scopre inoltre un orto nel quale sono stati coltivati organismi geneticamente modificati mediante gli stessi cristalli prodotti dalla sonda aliena. Nel frattempo, Pegg e Ramsey tentano di recuperare il relitto della Big Horn ma scoprono che all'interno e nei pressi della nave si sono sviluppati gli stessi cristalli del sogno ricorrente di Lucas, i quali hanno modificato sia la fauna marina che la conformazione del fondale. I due ricercatori individuano anche il sottomarino coreano che era stato mandato ad intercettare la Big Horn poco dopo il loro intervento. A New Harmony, Molly viene presa in ostaggio da Sontag. Scopre che l'uomo è responsabile della scomparsa dell'agente e delle coltivazioni, che ha modificato utilizzando il suo sangue. Sean riesce ad intervenire in tempo ed a salvare la dottoressa.