Mulder riceve la notizia che un distruttore Navale, l'U.S.S. Ardent, è svanito nelle acque dell'Atlantico del Nord. Diciotto sopravvissuti sono stati salvati da peschereccio canadese, ma solo uno, il tenente Richard Harper, è sopravvivuto al misterioso incidente. Harper viene posto all'Ospedale Navale Bethesda nel Maryland dove viene messo sotto stretta sorveglianza. Scully ottiene accesso alla stanza di Harper. Rimane sorpresa nello scoprire che Harper - che ha ventotto anni - assomiglia ad un uomo anziano. Mulder non è invece sorpreso quando sente le notizie. Dice a Scully dell'esperimento Filadelfia, una progetto top secret della Seconda Guerra Mondiale nel quale il governo degli Stati Uniti ha tentato di rendere le navi da guerra invisibili ai radar. Non molto dopo, l'U.S.S. Eldridge svanisce dal porto della marina militare a Filadelfia solo per riapparire alcuni minuti più tardi, un centinaio di miglia di distanza a Norfolk, Virginia. Mulder crede che questi eventi siano collegati all'Incidente di Roswell. Teorizza che dei fisici governativi abbiano tentato di manipolare dei buchi neri sulla terra.
Gli agenti vanno in Norvegia in cerca di risposte. Incontrano Enrico Trondheim, il capitano di un peschereccio di nome Zelo. Trondheim parla di una pietra leggendaria che gli abitanti della zona credono sia un dio cattivo. Mulder e Scully noleggiano Trondheim per navigare per le acque infide e dense di nebbia. Malgrado gli sforzi di Trondheim la sua nave collide con l'Ardent. Gli agenti, accompagnati da Trondheim e dalla sua prima moglie, Halvorsen, salgono a bordo dell'Ardent e scoprono i corpi coperti da una strana sostanza. Improvvisamente, il suono di un motore riempie l'aria. Il quartetto corre sopra il ponte della nave, solo per vedere lo Zelo scompare nella nebbia. Capiscono di essere incagliati. Il grido di un uomo frantuma la spettrale quiete. Mulder, Scully e Trondheim corrono alla sala mensa della nave, dove scoprono il cadavere di Halvorsen. Al