SG-1 ontsnapt door de Stargate voordat deze door de regering wordt afgesloten. Zij ontdekken dat Daniëls alternatieve realiteitsvisie waar is: Apophis is op weg om de aarde van bovenaf aan te vallen. Het team moet Apophis en zijn zoon Klorel tegenhouden, die het lichaam van hun vriend Skaara bewoont.