Kusanagi komt weer bij bewustzijn na een breinduik in de Poppenspeler. Hoewel ze nu weten wat er gebeurd is, blijft Kusanagi af en toe de aanwezigheid van de Poppenspeler voelen. De Shell-eenheid doet een inval op een boot die door een terroristische cel wordt gebruikt, en Kusanagi schiet per ongeluk hun leider neer.