Za pomocą wspomnień, które zostały przywrócone Walterowi przez młodego Obserwatora, zespół Fringe wyrusza na poszukiwania Donalda — partnera doktora Bishopa sprzed lat, który wraz z nim planował powstrzymać Obserwatorów przed dominacją na świecie. Zadanie jest o tyle utrudnione, gdyż przyjaciele muszą unikać pościgu ciągle poszukujących ich Lojalistów na usługach Obserwatorów.