Le film commence avec Naruto qui se fait transpercer le corps par un monstre nommé Moryo, mais tout cela n'est que prédiction de la prêtresse du pays des démons.
Le 5ème Hokage, Tsunade envoi Naruto, Rock Lee, Neji et Sakura en mission pour protéger la prêtresse. Ils vont tous combattre un adversaire maîitrisant un élément différent, Lee la Terre, Naruto l'Eau....