Alors qu'au Japon, le jeune Yugi Muto reconstitue le Puzzle Millénaire. En Egypte, une ancienne tombe s'éveille d'un sombre pouvoir, celui d'Anubis.
Plusieurs années après, alors que le tournoi de Battle City est finit depuis peu, Seto Kaiba cherche toujours à reconquérir son titre perdu. Il va donc affronter Maximillion Pegasus afin de récupérer les cartes qui lui permettront de venir à bout des Dieux Égyptiens de Yugi. Mais parmi les cartes qu'il récupère, l'une d'elle, la Pyramide de Lumière, a été mise là par Anubis afin qu'il puisse prendre sa revanche sur le Pharaon. Le duel de la revanche et de la survie du monde peut alors commencer !