W niedalekiej przyszłości podniesienie poziomu mórz sprawiło, że większość cywilizacji znalazła się pod wodą. Ikaruga Natsuki, chłopiec, który kilka lat wcześniej stracił matkę i nogę w wypadku, wraca rozczarowany życiem w mieście i zastaje swój wiejski dom na wpół pochłonięty przez morze.
Pozbawiony rodziny, jedyne, co mu pozostało, to statek i łódź podwodna pozostawione mu przez babcię-oceanolog oraz jej długi.
Jedyną szansą na odzyskanie utraconych marzeń jest wykorzystanie szansy, jaką daje mu podejrzliwa windykator Catherine. Udają się więc, aby przeszukać zatopione ruiny laboratorium jego babci, aby znaleźć skarb, który według plotek tam zostawiła.
Ale to, co znajdują, nie jest bogactwem czy klejnotami; to dziewczyna śpiąca w trumnie na dnie morza, Atri.
Atri jest robotem, ale jej wygląd i emocje zmylą każdego, kto pomyśli, że jest żywą istotą. W dowód wdzięczności składa oświadczenie Natsuki: „Chcę wykonać ostatni rozkaz mojej pani. Dopóki tego nie zrobię, będę twoją nogą!”.