Shinichi Kudo to 17-letni detektyw, który po spożyciu tajemniczego leku odmładzającego go, ma obecnie 7 lat. Mieszkając ze swoim przyjacielem z dzieciństwa Ran i ojcem Kogoro Mouri, potajemnie próbuje odzyskać swoje dawne ciało i umieścić w areszcie organizację odpowiedzialną za jego stan...
Wszystko zaczyna się podczas wizyty w parku rozrywki z jego przyjacielem z dzieciństwa, Ran Mouri. Podsłuchuje on rozmowę między dwoma przestępcami. Zauważony, a następnie znokautowany, zostaje pozostawiony na pastwę losu po spożyciu trucizny.
Na szczęście przeżywa, ale jest efekt uboczny trucizny. Stał się o dziesięć lat młodszy. Aby znaleźć ludzi odpowiedzialnych, przyjmuje tożsamość Conan Edogawa.
Zapisuje się do Teitan Elementary School i tworzy mały zespół detektywów praktykantów, Detective Boys z Genta Kojima, Mitsuhiko Tsuburaya i Ayumi Yoshida. Pomogą mu również profesor Agasa, Ran Mouri, w której jest zakochany oraz Kogoro Mouri, który pracuje jako prywatny detektyw.
Będzie próbował odnaleźć wynalazcę trucizny oraz członków Organizacji.