La collision entre Groudon et Kyogre qui s'est produite dans la région de Hoenn a été stoppée par Mega-Rayquaza, et les rochers géants apparus sur les lieux ont été transportés dans la région de Kalos par Lysandre. Après avoir accompli sa mission, Alain est retourné à Kalos, suivi par Martine qui est revenue en hydravion. À la recherche d'une plus grande puissance, Alain relève le défi de battre dix dresseurs maîtrisant la Méga-Évolution, sous peine de se voir confisquer son Méga-Anneau et son Dracaufeu X s'il perdait. Au cours de ce combat, le Marisson de Martine rencontre un mystérieux Pokémon utilisé comme cobaye.