Dans le futur, le système informatique du FBI est piraté et des fichiers confidentiels sont rendus publics, ce qui mène Alex sur la piste d'une autre bombe cachée quelque part dans New York. À Quantico, les recrues reçoivent des missions individuelles mais finissent par se rendre compte qu'elles sont liées et qu'il s'agit pour eux d'apprendre à réfléchir de façon globale.