Archer foi derrotado pelo invencível Beserker e agora Shirou, Saber e Rin estão fazendo o possível para escapar do mesmo destino. Eles encontram um abrigo onde podem se esperar por um tempo, porque Shirou tem que descobrir um jeito de renovar o poder mágico de Saber enquanto Ilya procura por eles. Com o sacrifício de Archer, Rin está ainda mais determinada a sair dessa viva e elabora um plano.