La saison 1 de Marcelino a été diffusée sur TF1 du mercredi 29 août 2001 au jeudi 1 janvier 1970. Elle comporte 26 épisodes, le premier s'intitule "Le Foyer" et le dernier "Une journée très spéciale".
Un beau jour, des moines découvrent un petit garçon abandonné à la porte du monastère où ils vivent. Ils cherchent sa mère, mais ne la trouvent pas et décident finalement de l'adopter et de lui donner le nom du saint du jour : Marcelino.
La légende veut que tous les enfants nés la nuit d'une millième lune possèdent le don de parler aux animaux. En grandissant, le petit garçon va découvrir qu'il a hérité de ce formidable pouvoir. Il décide alors de devenir le défenseur de la cause animale, et son plus grand souhait est de retrouver sa mère.