La saison 2 de SeaQuest DSV a été diffusée sur NBC du dimanche 18 septembre 1994 au dimanche 21 mai 1995. Elle comporte 22 épisodes, le premier s'intitule "Daggers (1)" et le dernier "Splashdown".
Dans un avenir proche, en 2018 plus précisément, l'Humanité a commencé à coloniser les océans. Des communautés sous-marines s'érigent sous le niveau de la mer, de vraies villes capables de subvenir à leurs besoins énergétiques et alimentaires. Mais rien de pacifique dans tout cela : malgré ce nouveau potentiel, des conflits se déclarent un peu partout de par le monde. L'Organisation des Océans Unis dépêche donc un sous-marin, le SeaQuest DSV, dans les océans. Son capitaine, Nathan Bridger, a pour mission de garder le monde en eaux calmes, et de patrouiller d'une communauté sous-marine à une autre.