La saison 2 de The Penguins of Madagascar a été diffusée sur NickToons du samedi 13 mars 2010 au samedi 31 mars 2012. Elle comporte 68 épisodes, le premier s'intitule "The Red Squirrel" et le dernier "The Most Dangerous Game Night".
Une fois de plus, Skipper, Kowalski, Rico et Private, dictent leur loi à l'intérieur du zoo de Central Park. Afin de pouvoir garder leur voisinage heureux, les pingouins doivent parfois s'aventurer dans la jungle new-yorkaise afin de ramener de nouvelles trouvailles qui pourront les aider à préserver leur tranquillité. Mais alors que les quatre frères pensent avoir un contrôle absolu sur les autres animaux, un nouvel arrivant fait son apparition : Julien, le roi des lémuriens, doté d'un égo surdimensionné, il passe ses nuits à faire la fête avec ses copains. Exaspéré, les pingouins vont devoir rivaliser de nouveaux stratagèmes pour récupérer leur territoire.