Après que Shadow a volé l'une des émeraudes du Chaos, Sonic est accusé du crime et se retrouve à fuir la justice. Il tombe alors sur Shadow et comprend pourquoi il est soudainement devenu un criminel recherché, car Sonic et Shadow se ressemblent beaucoup. Alors qu'ils se rencontrent, Shadow révèle sa capacité à exploiter le pouvoir de l'Émeraude du Chaos pour utiliser le Contrôle du Chaos, ce qui lui donne un avantage sur Sonic.