Sky Force est une agence de défense internationale chargée de protéger la paix sur Terre. Cette agence met au point, à bord de la base orbitale Earth Ship (littéralement Vaisseau Terre), un projet secret : le Projet J, qui a pour but de créer un escadron d'élite dont les membres auront vu leurs capacités physiques développées à travers l'irradiation par les Birdonic Wave. Ryû Tendô et sa fiancée Rie Aoi, agents de Sky Force, sont sélectionnés par la Commandante Aya Odagiri pour faire partie de cet escadron, et devenir respectivement Red Hawk et White Swan. Mais, après que Ryū a été irradié, Earth Ship est attaqué par l'armée dimensionnelle Vyram, qui après avoir conquis de nombreux mondes, cherche à envahir la Terre. Vyram détruit le vaisseau, les Birdonic Waves restantes sont libérées et vont irradier quatre individus au hasard sur Terre. Rie est aspirée dans le vide de l'espace; Ryū et la Commandante Odagiri réussissent à s'échapper.