Yabancı bir temsilciyle yapılan ve yolsuzluk şüphesi taşıyan bir toplantıya baskın düzenleyen Kamu Güvenliği'nden Daisuke Aramaki, gizemli bir sayborgla karşılaşır. Kendini Motoko Kusanagi olarak tanıtan sayborg, İç İşleri Bakanı'na yeni bir özel kuvvet birimi kurmayı teklif eder. Aramaki, ilk adım olarak Kusanagi'den bir şeyi araştırmasını ister.