Après les événements de Danganronpa 2 : Goodbye Despair, Makoto Naegi, l'Ultime Espoir, est arrêté par la Fondation Future pour avoir hébergé les Vestiges du Désespoir, ceux qui ont poursuivi les désirs maléfiques de l'Ultime Désespoir, Junko Enoshima, après sa mort.