Haruka Nanase comienza su primer año en la escuela secundaria Iwatobi. Después de descubrir que Haruka y su amigo de la infancia, Makoto Tachibana, alguna vez formaron parte del Iwatobi Swim Club, Asahi Shiina los insta a unirse al equipo de natación a pesar de la falta de interés de Haruka, mientras que Kisumi Shigino sugiere que se unan al equipo de baloncesto. Natsuya Kirishima, el capitán del equipo de natación, visita su clase y convence con éxito a Haruka, Makoto, Asahi y su hermano menor Ikuya para que se unan.