Mientras lucha contra un germen mutante gigante llamado Bacillus, Godzilla es infectado por la bacteria y se va luchando por su vida. Mientras Elsie, Randy y Mendel crean un antibiótico para debilitar las bacterias, Nick y Monique deben ingresar al cuerpo de Godzilla y destruir la infección en su origen antes de que Godzilla muera.