Mientras rastreaban a Godzilla hasta Fort Armstrong, Nuevo México, el equipo descubre que un gigantesco escorpión mutado, llamado Ts-eh-go por los lugareños, está alborotado. Pero cuando intentan contener al monstruo, son atacados por el ejército estadounidense bajo el mando del coronel William Tarrington, un viejo amigo de Hicks, que está dispuesto a destruir tanto a Ts-eh-go como a Godzilla. Cuando HEAT descubre que Ts-eh-go fue creado por el programa 'Primera Ola' del ejército, y que Tarrington planea usar la descendencia de la criatura, denominada en código 'Segunda Ola', como armas biológicas, HEAT y Hicks deben convencer a Tarrington de que se detenga cuando los escorpiones perder el control.