Luego de ser rescatado de un encuentro casi letal con el Wraith, el Teniente Aiden Ford recibe atención médica en la base Atlantis. Su recuperación increíblemente rápida hace que el Dr. Beckett sospeche que el atacante lo inyectó con una peligrosa enzima que puede producir un largo, e impredecible, daño. Mientras el copamiento de Atlantis en manos de los Wraith continúa encarnizadamente y deja a Sheppard rodeado por su enemigo. Sheppard es rescatado con la oportuna llegada del Coronel Steven Caldwell, comandante del Daedalus. El Daedalus, lanzado desde la Tierra con la misión de brindar apoyo a Atlantis durante la batalla, ayuda a derrotar el primer ataque del Wraith. Sin embargo, la tranquilidad dura poco, ya que el equipo descubre que los Wraith están planeando la próxima oleada de embestidas violentas con una flota completa que está por descender en la ciudad. Un día antes del ataque, la Dra. Weir se da cuenta de que el Daedalus no será suficiente para resistir el ataque de los Wraiths. McKay desarrolla un plan contundente pero es probable que no haya tiempo suficiente para perfeccionar los complicados mecanismos tecnológicos de su plan antes de la llegada de los Wraith.