Sheppard regresa de una misión a Atlantis y encuentra la ciudad completamente abandonada y rodeada de un desierto. Tan sólo un holograma de McKay le hará compañía y le pondrá al día de todo lo que ha ocurrido en los últimos 48000 años en los que ha estado ausente.
Sheppard y el holograma de McKay tendrán que idear un plan para salvar la ciudad y devolver a John al tiempo al que pertenece.